Zotero es un gestor de referencias bibliográficas, libre, abierto y gratuito desarrollado por el Center for History and New Media de la Universidad George Mason que funciona también como servicio. Como aplicación es posible instalarlo como extensión del navegador web Firefox o como programa independiente (Zotero Standalone), y en ambos casos es multiplataforma, estando disponible para los sistemas operativos Windows, Mac OS X y GNU/Linux.
Mendeley es una aplicación web y de escritorio, propietaria y gratuita. Permite gestionar y compartir referencias bibliográficas y documentos de investigación, encontrar nuevas referencias y documentos y colaborar en línea. Mendeley combina Mendeley Desktop, una aplicación de gestión de referencias bibliográficas y de documentos en formato PDF (disponible para Windows, Mac y Linux) con Mendeley web. Ambas aplicaciones son la base sobre la cual se ha creado y desarrollado una red social en línea de investigadores, similar a lastfm en cuanto a funcionalidades para identificar, capturar, etiquetar, clasificar y referenciar artículos científicos y académicos. Su comunidad está formada por 3 millones de usuarios y dispone de una base de datos con más de 100 millones de referencias. Desde 2013 pertenece al grupo editorial Elsevier.